Manfaat Beberapa Software KimKom
[Chempup] JMol
Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam tiga dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari program kuantum.
Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.
[Chempup] Chemtool
ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang
untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini
merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya
tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux.
Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat
dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan
menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool
ini.
Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.
HyperChem
Fungsi hyperchem adalah :
- Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
- Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
- Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB.
- Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
- Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
- Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S
- Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.
- Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
- Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.
Molden
Molden hampir sama dengan Jmol, fungsinya adalah untuk menampilkan dalam
bentuk 3D. Molden sangat powerful terutama dengan z-matrik editornya.
Saat ini molden didistribusikan untuk keperluan akademik. Molden dapat
digunakan untuk memvisualisasi hasil perhitungan dari GAUSSIAN. Molden
dapat di download di ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.0.tar.gz.
Untuk meng-compile molden ada beberapa paket program yang harus
diinstall terlebih dahulu. Bagi para pengguna setia Debian dan
turunannya seperti Ubuntu dapat menggunakan perintah apt-get install
untuk menginstall program-program berikut ini : gfortran libX11-6
libX11-dev libgl1-mesa-glx libgl1-mesa-dev build-essential
mesa-common-dev libglu1-mesa-dev libxmu-dev makedpend xutils-dev wget.
Selanjutnya tinggal mengekstrak folder molden lalu edit makefile,
samakan dengan platform komputer yang kita gunakan. Terakhir compile
dengan perintah make. Jika proses ini berhasil akan ada file ekskusi
molden, gmolden, ambfor dan surf.
Avogadro
Avogadro adalah editor molekul maju dan visualisator dirancang untuk cross-platform digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika,ilmu material, dan bidang terkait. Menawarkan kualitas render fleksibel tinggi dan arsitektur plugin yang kuat.
Cross-Platform: Molekuler pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.Gratis, Open Source: Mudah untuk menginstal dan semua kode sumber tersedia di bawah GNU GPL.
Internasional: Terjemahan ke orang lain Cina, Perancis, Jerman, Italia, Rusia,Spanyol, dan, dengan bahasa yang lebih untuk datang.
Intuitif: Dibangun untuk bekerja dengan mudah untuk mahasiswa dan penelitimaju baik.
Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
Extensible: Plugin arsitektur untuk pengembang, termasuk rendering, alatinteraktif, perintah, dan skrip Python.
Fleksibel: Fitur termasuk impor Babel Buka file kimia, generasi masukan untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
Sumber :
http://www.blogtopsites.com/outpost/32afa68bb97b7f15de355034f5b27934
Tidak ada komentar:
Posting Komentar