Miyuki Takara - Lucky Star

Rabu, 04 Januari 2012

Istilah-Istilah Dalam Kimia Komputasi

 Ab initio: computational chemistry methods based on quantum chemistry
2. Born-Oppenheimer approximation: an assumption that the electronic motion and the nuclear motion in molecules can be separated
3. Cheminformatics: the use of computer and informational techniques, applied to a range of problems in the field of chemistry
4. Comparative molecular field analysis (CoMFA): a 3D QSAR technique based on data from known active molecules
5. Computational chemistry: a branch of chemistry that uses principles of computer science to assist in solving chemical problems
6. Computer science: the study of the theoretical foundations of information and computation. It also includes practical techniques for their implementation and application in computer systems
7. Density functional theory (DFT): quantum mechanical modelling method used in physics and chemistry to investigate the electronic structure of many-body systems
8. Hartree-Fock: an approximate method for the determination of the ground-state wave function and ground-state energy of a quantum many-body system
9. Hybrid functional: a class of approximations to the exchange-correlation energy functional in density functional theory that incorporate a portion of exact exchange from Hartree-Fock theory with exchange and correlation from other sources
10. Linear combination of atomic orbitals (LCAO): a quantum superposition of atomic orbitals and a technique for calculating molecular orbitals
11. Molecular dynamics: a computer simulation of physical movements of atoms and molecules
12. Molecular mechanics: an empirical method used to state potential energy from molecules as a function of geometric variable
13. Molecular modelling: all theoretical methods and computational techniques used to model or mimic the behaviour of molecules
14. Monte Carlo: a class of computational algorithms that rely on repeated random sampling to compute their results
15. Mulliken population analysis: estimating partial atomic charges from calculations carried out by the methods of computational chemistry
16. Quantitative structure-activity relationship (QSAR): the process by which chemical structure is quantitatively correlated with a well defined process, such as chemical reactivity
17. Post-Hartree-Fock: the set of methods developed to improve on the Hartree-Fock, or self-consistent field method
18. Quantum chemistry composite: computational chemistry methods that aim for high accuracy by combining the results of several calculations
19. Slater-type orbitals: functions used as atomic orbitals in the linear combination of atomic orbitals molecular orbital method
20. Statistic mechanics: the mathematical way to extrapolate the thermodinamic character of materials relatively

Sumber:
http://febbybong.blogspot.com/2012/01/istilah-dalam-kimia-komputasi-jilid-2.html

Manfaat Kimia Komputasi Bagi Penelitian

Beberapa Manfaat Kimia Komputasi Bagi Penelitian :
  1.  Untuk menemukan titik awal untuk sintesis dalam laboratorium
  2.  Untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan penamatan pada reaksi di laboratorium
  3.  Untuk memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem.  

Manfaat Kimia Komputasi Bagi Pembelajaran

Beberapa Manfaat Kimia Komputasi bagi Pembelajaran :
  • Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.
  • Dapat sebagai alat hitung –seperti halnya kalkulator- untuk membantu penyelesaian secara numerik dari persamaan matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.
  • Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi
  • Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem, Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.
  • Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan Kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.
  • Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. Proses denatrasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom.

 
Sumber:

Senin, 02 Januari 2012

MENGENAL HYPERCHEM


Apa itu HyperChem?

HyperChem ialah suatu program simulasi dan pemodelan molekular yang memung-kinkan perhitungan kimiawi yang kompleks. HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:
1.      Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
2.      Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
3.      Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB)
4.      Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
5.      Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
6.      Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.
Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.
7.      Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.
8.      Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
9.      Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.

Manfaat HyperChem :

HyperChem dapat digunakan untuk menentukan beberapa sifat struktur antara lain :

· Stabilitas relatif dari beberapa isomer
· Panas pembentukan
· Energi aktivasi
· Muatan atom
· Beda energi HOMO-LUMO
· Potensial Ionisasi
· Afinitas elektron
· Momen dipol
· Tingkat energi elektronik
· Energi korelasi electron MP2
· Energi keadaan tereksitasi CI
· Sifat dan struktur keadaan transisi
· Energi interaksi non-bonded
· Spektra serapan UV-VIS
· Spektra Absorpsi IR
· Pengaruh isotop pada vibrasi
· Spektra serapan IR
· Efek Collision pada sifat struktur
· Stabilitas dari kluster


Simulasi
· Interaksi Docking
· Pengaruh temperatur pda gerakan molekul
· Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
· Interaksi intermolekular pada kluster

Sumber : http://chittaputri.blogspot.com/2011/12/manfaat-hypechem.html

ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux

ChemPup adalah sebuah applet dari beberapa software kimia yang bisa digunakan secara gratis. Ternyata Chempup hanyalah kumpulan software kimia dari software yang sudah ada sebelumnya. Itupun terbundel dalam sistem operasi linux, Puppy Linux 4.2.1. Memang untuk menggunakannya tidak perlu menginstall Linux itu ke komputer, cukup run cd live saja dengan memasukkan CD Chempup itu dengan menyeting booting pertama dari CD drive atau Usb drive dari bios komputer.
Tampilannya seperti yang ada pada screenshoot web resminya adalah seperti gambar berikut:

 

Software-software kimia yang terbundel dalam chempup itu sesungguhnya bisa saja  ditambahkan ke dalam sistem operasi linux lainnya, dan beberapa juga bisa dipasang (di-install) pada sistem operasi windows.

Kembali ke bahasan Chempup. Beberapa software yang terbundel tersebut antara lain:
  • GElement – Tabel periodik dengan banyak informasi pada setiap unsur yang disajikan
  • ChemCalc – link utility web berbasis java utility yang dapat digunakan untuk kepentingan perhitungan berat formula (Mr), analisis CHN, dan distribusi isotop.
  • Nomen – sebuah program untuk membuat struktur 2D dari nama zat kimia kita berikan
  • JChemPaint ­ Pembuat struktur kimia 2D yang berbasis java
  • BKChem – editor struktur zat kimia 2D yang diperluas (baru akan tersedia!)
  • JMol – Penampil (viewer) molekul secara 3D. Applet ini pernah sedikit saya bahas di sini.
  • Avogadro – Pembuat melekular 3D yang powerfull, dengan optimasi medan-gaya dan simulasi dinamika molekular
  • ChemTool – Sebuah file spreadsheet yang dibuat secara khusus untuk kalkulator pengkonversi mol dan massa zat
  • Gnotebook – Sebuah file spreadsheet yang dapat digunakan untuk aktivitas laboratorium.
Sumber : http://chemtoolbox.com/index.php/about-chemtoolboxcom.html
               http://urip.wordpress.com/2011/06/08/chempup-applet-kimia-pada-puppy-linux/

Chem Pup

Apa itu ChemPup?


ChemPup adalah sistem software yang unik yang dibangun dari Puppy Linux dengan berbagai program kimia berguna. Saat ini ChemPup-1.0.1 dan 1.0.1-ChemPup-lite sudah tersedia.

 
Fitur:
Office Productivity::
OpenOffice.org-3.0 - office suite produktivitas penuh kompatibel dengan MS Office
JabRef - referensi manajer yang syncs dengan OOO3
Firefox - browser web

Program-program kimia:
GElemental - tabel periodik yang dikemas dengan informasi pada setiap elemen
Nomen - alat nomenklatur sederhana
JChemPaint -program kimia Editor struktur 2D
JMol - program kimia untuk menampilkan struktur 3D dan force-field minimizer
Avogadro - 3D struktur kimia pembangun dengan built-bidang yang berlaku untuk simulasi dinamika molekul
OpenBabel - kimia file-jenis konverter
SciFinder Cendekia - database jurnal ilmiah online (harus memiliki file site.prf ditambahkan dari administrator sekolah)
ChemTool dan GNotebook - spreadsheet template dengan persamaan kimia yang berguna, konversi, dll.
 
Bagaimana Saya bisa Memulai?
Klik DI SINI untuk Panduan Cepat-Mulai ChemPup.
Klik DI SINI untuk ISO ChemPup GRATIS (memerlukan pendaftaran).
Klik DI SINI untuk CD ChemPup atau kunjungi ChemToolBox.com toko online .

Mengapa ChemPup?
ChemPup dibangun dari Puppy Linux 4.2.1 yang sangat kecil, fleksibel, portabel
dan sistem operasi lengkap. Bagaimana ChemPup sangat berbeda dan berguna?

1. ChemPup beban seluruh sistem ke dalam memori RAM.
Meskipun proses ini memakan waktu sedikit lebih lama untuk boot (tergantung pada konfigurasi hardware) akhirnya berjalan sangat cepat pada bahkan rendah-spec (lama) komputer.

2. Anda tidak pernah harus menginstal ChemPup di komputer manapun.
Itu benar! Instalasi Tidak Diperlukan. Cukup boot dari CD atau USB flashdrive ChemPup.
Lihat Panduan Cepat-Mulai ChemPup untuk informasi lebih lanjut.

3. Anda dapat menginstal ChemPup ke sebuah partisi hard-drive (lanjutan).
Hal ini dapat dilakukan dengan dua cara, "penuh" atau "hemat" pilihan instalasi. Sebuah "hemat" instal dianjurkan karena dapat diinstal pada diformat NTFS hard-drive sepanjang sisi MS Windows. Hal ini memerlukan beberapa pengetahuan tambahan dan pengguna sangat dianjurkan untuk berkonsultasi dengan www.puppylinux.org dokumentasi sebelum mempertimbangkan opsi ini. Satu-satunya keuntungan yang signifikan adalah bahwa CD atau DVD tidak lagi diperlukan saat boot-up jika ChemPup telah diinstal.


Bagaimana saya dapat Dukungan Open Source Software?
Donasi dapat dilakukan melalui PayPal dan akan membantu mendukung perkembangan lebih lanjut semua jalan ke bawah garis. Lihat Chip-In! untuk belajar bagaimana aliran dana CD,. DVD, USB, dan Tees culun yang tersedia dan dukungan lebih lanjut komunitas linux.
Layar Shots:






Sumber:
http://www.chemtoolbox.com/index.php/about-chemtoolboxcom.html