Miyuki Takara - Lucky Star

Rabu, 04 Januari 2012

Instalasi Aplikasi Pada Ubuntu Menggunakan Terminal

Belajar cara menginstall aplikasi di linux, tapi dengan menggunakan cli (command line interface), atau disebut juga terminal (windows: cmd). Nah, kita tetap akan menggunaan Ubuntu linux untuk itu (ohya, Ubuntu 10.10 dah keluar cak 4 bulan lalu,).
Ada beberapa keuntungan, seperti penggunaan memori yang relatif kecil, cepat dalam pengerjaan, dan tidak bertele-tele. Kekurangannya, daftar-daftar paket tidak ditampilkan, jadi agak susah untuk memilih paket yang diinginkan. Apalagi bila kita tidak tahu paket-paket/aplikasi di linux itu apa saja, dan apa fungsinya.
Dari kelebihan dan kekurangan di atas, orang-orang biasa menyimpulkan bahwa menginstall paket lewat terminal itu sulit dan hanya dipakai oleh orang-orang yang sudah ahli. Well, ada benar dan ada salahnya. Tapi, agar tidak terlalu bertele-tele tulisannya, hal tersebut tidak akan dibahas, dan kita akan langsung masuk ke cara install aplikasi lewat terminal.
terminal-01
Catatan: lihat screenshoot di atas? Ubuntu 10.04 saya jalankan dari dalam VirtualBox. Kerenkan? Tentang VirtualBox dan apa itu, bisa baca artikel saya, Virtualisasi: Komputer dalam Komputer.
*****
Aplikasi berbasis terminal untuk menginstall aplikasi di Ubuntu kita kenal dengan nama apt-get. Keterangan panjangnya bisa Anda baca dengan mengetikkan ‘man apt-get‘ tanpa tanda kutip. Karena Linux dibuat mirip dengan Unix (yang biasanya dipakai di server), maka hampir semua hal bisa kita lakukan dari terminal, seperti berapa lama komputer dihidupkan (uptime), berapa banyak memori terpakai (free), berapa banyak ruang harddisk terpakai (df -h), lagi berada dalam direktori mana (pwd), task manager lewat terminal (top), dan masiihhhhh banyak lagi**. Semuanya berguna untuk memperkecil memori yang digunakan (GUI vs terminal), penghematan bandwith bila digunakan untuk remote server, dan mempercepat kerja. …wah, jadi ngelantur nih, haha… Lanjut!!
terminal-02
OK. Langkah-langkah menginstall aplikasi lewat terminal menggunakan apt-get:
Langkah 1
Buka terminal. Ketik ‘sudo nano /etc/apt/sources.list‘ tanpa tanda kutip (hasilnya akan sama seperti langkah #2 di artikel Instalasi Aplikasi di Linux). Selanjutnya, hilangkan semua baris yang ada tulisan ‘deb‘ di depannya. Yang ada tanda ‘#’ di depannya tidak perlu dihapus. Bingung, musnahkan (hapus) semuanya!!
terminal-03
Catatan: untuk mengadakan perubahan pada file sistem atau menjalankan aplikasi yang bersifat kritis di Ubuntu, kita harus menggunakan perintah sudo, yang artinya kita menjalankan perintah tersebut sebagai root (administrator pada windows), demi menjaga keamanan sistem.
Langkah 2
Ketikkan baris ini pada bagian paling atas***:
deb http://dl2.foss-id.web.id/ubuntu lucid main multiverse restricted universe
Kemudian tekan tombol Ctrl+X, diikuti tombol Y, dan tekan enter untuk mengakhirinya. Bila Anda menggunakan Ubuntu 10.10, ganti tulisan lucid di atas menjadi maverick.
terminal-04
Langkah 3
#2 dan #3 berguna untuk mengeset dari situs mana aplikasi-aplikasi itu akan kita ambil. Bila paket Anda berada di CD/DVD, ketik ‘sudo apt-cdrom add‘ tanpa tanda kutip, masukkan CD/DVD pertama, tekan enter. Ulangi untuk CD/DVD berikutnya. Mudah kan?
Langkah 4
Setelah itu, kita update database paket/aplikasi dengan data paket terbaru dari sumber yang telah kita masukkan di atas: ketik ‘sudo apt-get update‘ tanpa tanda kutip.
terminal-05
Langkah 5
Setelah itu, kita tinggal mengetikkan ‘sudo apt-get [nama_paket]‘ tanpa tanda kutip. [nama paket] adalah nama aplikasi yang ingin kita install.
terminal-06
Langkah 6
Sekarang coba ketik ‘sudo apt-get htop‘, yang akan menginstall paket bernama htop (task manager di linux seperti top, tapi berwarna). Setelah selesai, di terminal yang sama, ketikkan ‘htop‘ tanpa tanda kutip. Untuk selesainya, tekan tombol ‘Q‘ pada keyboard.
terminal-07
Langkah 8
Untuk penutup, silakan menginstall paket inkscape dengan mengetikkan ‘sudo apt-get inkscape‘ tanpa tanda kutip. Inkscape adalah aplikasi pengolah vektor seperti coreldraw.
Catatan: Bila Anda tidak tahu paket apa yang ingin diinstall, tapi tahu deskripsi/kategori paket tersebut, Anda bisa melakukan pencarian dengan perintah ‘sudo apt-cache search [deskripsi/kategori]‘, yang akan mencari daftar paket di database kita berdasarkan kategori/ deskripsi yang kita berikan. Contoh: ‘sudo apt-cache search vector-based‘ akan menampilkan data-data seperti pada gambar.
terminal-ubuntu-virtualbox 

Sumber :
http://kasmui.blog.com/archives/1435/

Cara Memakai USB Device di VirtualBox (Linux Host)

Bagi Anda yang memakai Virtualbox di sistem operasi GNU/Linux, pasti akan mendapati bahwa USB device Anda tidak dapat di-mount, dideteksi, atau dipakai secara langsung ke dalam Guest OS. Atau lebih tepatnya, device-device itu terlihat namun dengan state unavailable (inactive). Berbeda halnya jika Anda memakai Virtualbox di sistem operasi Windows.
Anda mungkin bisa saja mengakali permasalahan ini dengan memakai fitur shared folder-nya Virtualbox. Akan tetapi, hal ini cuma bisa dilakukan bila USB device tersebut adalah UFD. Namun, jika berbentuk webcam, printer, atau yang lainnya lagi, bagaimana?
Untuk mengatasi permasalahan tersebut, cobalah langkah-langkah di bawah berikut ini:
1. Buka Terminal, ketikkan perintah :
getent group vboxusers
seketika itu akan ditampilkan user-user yang terdapat di dalam group tersebut.

2. Terlihat di atas, user yang terdapat dalam grup vboxusers hanya ada satu yaitu romtoni. Angka 124 di atas adalah angka devgid. Angka tersebut mungkin akan berbeda di masing-masing sistem. Catatlah angka tersebut karena itu adalah angka yang mewakili user yang akan memakai fitur USB device di Virtualbox.
3. Setelah itu, tambahkan baris perintah di bawah ini ke dalam /etc/fstab :
none /sys/bus/usb/drivers usbfs devgid=124,devmode=664 0 0
sesuaikan angka devgid dengan yang Anda miliki. Anda hanya bisa melakukan penambahan baris tersebut di /etc/fstab bila login sebagai root atau memakai perintah sudo gedit /etc/fstab (bila Anda memakai editor gedit).
4. Simpan perubahan tersebut lalu restart sistem Anda. Nah, sekarang Anda akan mendapati Virtualbox Anda sudah dapat memakai USB device. Selamat mencoba!
Sumber: 
http://www.infogue.com/viewstory/2010/02/03/cara_memakai_usb_device_di_virtualbox_linux_host_/?url=http://crystalforest.wordpress.com/2010/02/01/cara-memakai-usb-device-di-virtualbox-linux-host/
 http://kasmui.blog.com/archives/1434/

Pembelajaran Kimia via Linux

Software dari Linux4Chemistry

Dari sekian banyak software untuk pembelajaran kimia mulai dari simulasi/peragaan kegiatan lab hingga detail suatu teori ilmu kimia yang banyak bertebaran di jagad maya, Linux4Chemistry adalah salah satunya. Meski demikian dari tautan yang tersedia beberapa di antaranya ada tersedia software yang bisa dijalankan dengan OS windows.

linux4chemistry 

Kita bisa mencari software mulai dari yang open source, freeware, hingga yang komersial, disesuaikan keperluan dan kemampuan untuk membayar. Dua yang pertama adalah pilihan yang sangat cocok dengan kantong kebanyakan orang Indonesia.
Kontennya mulai dari yang sederhana (sekedar menggambar struktur kimia) hingga yang kompleks (misalnya simulasi dinamika molekuler dengan QM/MM).
 
Sumber :
http://urip.edublogs.org/2009/05/24/pembelajaran-kimia-via-linux/

Peran Komputer Dalam Penemuan Obat


 

Membawa senyawa kimia dari aras ide menjadi obat yang beredar di pasar merupakan proses yang membutuhkan sekitar rata-rata 800 juta US dollar menurut catatan yang disampaikan DiMasi dkk. (2003). Biaya yang sangat besar tentunya, apalagi dikaitkan dengan kemampuan ekonomi negara-negara berkembang, seperti Indonesia. Strategi dan upaya yang efektif dan ekonomis diperlukan untuk membawa Indonesia juga turut diperhitungkan dalam penemuan obat.
Tawaran yang menarik akhir-akhir ini adalah pemanfaatan komputer sebagai alat bantu dalam penemuan obat. Kemampuan komputasi yang meningkat eksponensial merupakan peluang untuk mengembangkan simulasi dan kalkulasi dalam merancang obat. Komputer menawarkan metode in silico sebagai komplemen metode in vitro dan in vivo yang lazim digunakan dalam proses penemuan obat. Terminologi in silico, analog dengan in vitro dan in vivo, merujuk pada pemanfaatan komputer dalam studi penemuan obat.
Mengapa dikatakan menarik? Alasan utamanya adalah efisiensi biaya. Sebagai ilustrasi akan disampaikan perbandingan penemuan obat secara konvensional dan dengan bantuan komputer ketika ditemukan suatu senyawa A dalam tanaman Z yang diduga aktif sebagai senyawa antikanker dengan menghambat enzim X, suatu enzim yang sudah diketahui strukturnya secara kristalografi:
  1. Konvensional
    Secara konvensional yang bisa dilakukan adalah mensintesis turunan dan analog senyawa A dan diujikan dalam enzim X sampai ditemukan benerapa senyawa yang sangat potensial untuk dikembangkan. Pada senyawa-senyawa potensial tersebut dilakukan uji lanjutan dan secara alami senyawa-senyawa tersebut dapat berguguran dan tidak sampai ke pasar karena terbentur beberapa masalah pada uji lanjutan, misal didapati toksis. Kemudian dilakukan skrining lagi dari tanaman yang secara empiris dilaporkan mengobati kanker.
  2. Dengan bantuan komputer (Computer-aided drug discovery; CADD)
    Di lain pihak, keberadaan sebuah komputer pribadi dilengkapi dengan aplikasi kimia komputasi yang memadai ditangan ahli kimia komputasi medisinal yang berpengalaman dapat menayangkan senyawa A secara tiga dimensi (3D) dan melakukan komparasi dengan senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi, misal senyawa B. Berdasarkan komparasi 3D dilengkapi dengan perhitungan similaritas dan energi, memberikan gambaran bagian-bagian dan gugus-gugus potensial yang dapat dikembangkan dari senyawa A (pharmacophore query). Kemudian berbagai senyawa turunan dan analog disintesis secara in silico alias digambar sesuai persyaratan aplikasi komputer yang digunakan (Untuk selanjutnya disebut senyawa hipotetik). Hal ini jelas jauh lebih murah daripada sintesis yang sebenarnya. Keberadaan data struktur 3D enzim X akan sangat membantu. Aplikasi komputer dapat melakukan studi interaksi antara senyawa-senyawa hipotetik dengan enzim X secara in silico pula. Dari studi ini dapat diprediksi aktivitas senyawa-senyawa hipotetik dan dapat dilakukan eliminasi senyawa-senyawa yang memiliki aktivitas rendah. Sebelum diusulkan untuk disintesis, senyawa-senyawa hipotetik tersebut dengan diprediksi toksisitasnya secara in silico dengan cara melihat interaksinya dengan enzim-enzim yang bertanggung jawab pada metabolisme obat. Dari beberapa langkah in silico tersebut, dapat diusulkan beberapa senyawa analog dan turunan senyawa A yang memang potensial untuk disintesis dan dikembangkan, atau mengusulkan untuk mengembangkan seri baru. Jumlah senyawa yang diusulkan biasanya jauh lebih sedikit dibandingkan penemuan obat secara konvensional.
Dalam hal ini komputer membantu untuk mereduksi jumlah senyawa yang diusulkan secara rasional dan diharapkan lebih efektif serta , membantu mempelajari interaksi obat dengan targetnya bahkan kemungkinan sifat toksis senyawa tersebut dan metabolitnya. Berdasar pengalaman penulis, dalam waktu satu tahun di Indonesia dikarenakan kurang pengalaman (dan starting material tidak dapat ditemui di agen lokal, harus impor dan butuh waktu tiga bulan jika ada stoknya; alat untuk elusidasi struktur sangat jarang dan andaikan ada pun sering tidak dalam kondisi dapat digunakan,) rata-rata hanya mampu melaporkan sintesis 3 senyawa sederhana. Peran komputer dalam hal ini bagi negera berkembang dapat dioptimalkan.
Berdasarkan ilustrasi di atas dapat disarikan dua metode yang saling melengkapi dalam penggunaan komputer sebagai alat bantu penemuan obat, yaitu: (i) berdasarkan senyawa yang diketahui berikatan dengan target atau biasa disebut ligand, (rancangan obat berdasarkan ligand; ligand-based drug designi(LBDD)) dan (ii) berdasarkan struktur target baik berupa enzim maupun reseptor yang bertanggung jawab atas toksisitas dan aktivitas suatu senyawa di dalam tubuh (rancangan obat berdasarkan struktur target; structure-based drug design(SBDD)).
LBDD memanfaatkan informasi sifat fisikokimia senyawa-senyawa aktif sebagai landasan mendesain senyawa baru. Tiga metode LBDD yang lazim digunakan adalah pharmacophore discovery dan hubungan kuantitatif struktur-aktivitas/quantative structure-activity relationship (HKSA/QSAR), dan docking studies. Pharmacophore discovery yaitu metode mencari kesamaan sifat fisikokimia antara lain sifat elektronik, hidrofobik dan sterik dari senyawa-senyawa yang dilaporkan aktif kemudian dibangun suatu bagian 3D yang menggabungkan sifat gugus-gugus maupun bagian senyawa yang diduga bertangung jawab terhadap aktivitasnya (pharmacophore). Adapun QSAR memadukan statistika dengan sifat fisikokimia senyawa yang dapat dikalkulasi dengan bantuan komputer guna menurunkan suatu persamaan yang dapat digunakan memprediksi aktivitas suatu senyawa
Struktur protein target dapat dimodelkan dari data yang diperoleh struktur kristalnya maupun hasil analisis nuclear magnetic resonance NMR) maupun data genomic (bioinformatics). Struktur protein hasil kristalografi dapat diakses di www.rscb.org. SBDD memanfaatkan informasi dari struktur protein target guna mencari sisi aktif protein yang berikatan dengan senyawa. Berdasarkan prediksi sisi aktif dapat dirancang senyawa yang diharapkan berikatan dengan protein target tersebut dan memiliki aktivitas biologis.
Dengan memanfaatan informasi dari struktur target maupun sifat fisikokimia ligand dapat dilakukan skrining uji interaksi senyawa-senyawa yang diketahui aktif (ligand) pada prediksi sisi aktif protein. Berdasarkan informasi yang diperoleh dirancang senyawa baru yang diharapkan lebih poten dari senyawa-senyawa yang ada. Hal ini juga digunakan untuk studi interaksi ligand dengan protein targetnya. Salah satu kelemahan docking studies dalam untuk studi interaksi adalah asumsi struktur protein yang kaku, yang tidak memfasilitasi efek induced-fit dari interaksi protein dengan ligand-nya. Fleksibilitas protein dan interaksinya dengan suatu senyawa dapat dianalisis dengan mengaplikasikan Molecular Dynamics (MD), simulasi yang melihat perubahan struktur suatu senyawa terhadap waktu berdasarkan parameter-parameter tertentu.
Permasalahan utama untuk pemanfaatan komputer ini adalah keberadaan aplikasi kimia komputasi yang memadai dan lengkap. Salah satu aplikasi kimia komputasi yang cukup memadai untuk penemuan obat adalah Molecular Operating Environment (MOE) yang dikembangkan Chemical Computing Group (www.chemcomp.com). MOE selain menawarkan fasilitas yang cukup lengkap juga user-friendly sehingga cocok digunakan dalam pembelajaran. Hanya saja aplikasi kimia komputasi yang user-friendly biasanya mahal sehingga alasan efisiensi biaya tidak lagi relevan. Sebagai informasi, biaya lisensi untuk penggunaan akademis (non komersial) sekitar 2000 US dollar pertahun. Namun demikian di era open source ini semakin banyak aplikasi-aplikasi kimia komputasi berbasis open source maupun yang menawarkan free academic license (Geldenhuys dkk., 2006). Hanya saja aplikasi-aplikasi tersebut seringkali tidak user-friendly dan untuk memanfaatkannya membutuhkan kemampuan komputer yang lebih dalam, seperti menguasai LINUX-based operating system dan command line editor bawaan masing-masing aplikasi. Selain tidak user-friendly, aplikasi-aplikasi tersebut seringkali fokus pada satu topik sehingga tidak cukup lengkap digunakan secara komprehensif. Beberapa contoh aplikasi-aplikasi yang tersedia secara gratis untuk tujuan nonkomersial: NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/) , sebuah aplikasi untuk Molecular Dynamics; Visual molecular dynamics (VMD; http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/) untuk visualisasi molekul baik tunggal maupun trajectory hasil studi Molecular Dynamics; ArgusDock (www.arguslab.com) untuk docking analisis; GAMESS (www.uiowa.edu/~ghemical/gtk-gamess.shtml) untuk minimisasi energi; dan ACD/labs ChemSkecth (www.acdlabs.com) untuk menggambar struktur kimia.
Dengan berbagai data sintesis dan uji aktivitas yang telah dilakukan banyak peneliti yang telah dipublikasikan baik di Indonesia maupun internasional serta data struktur protein yang dapat mudah diakses, berpartisipasi dalam penemuan obat secara efektif dan efisien dengan memanfaatkan CADD merupakan salah satu peluang yang layak dipertimbangkan untuk ditekuni lebih lanjut.

Sumber :

http://www.chem-is-try.org/artikel_kimia/biokimia/peran_komputer_dalam_penemuan_obat/

Manfaat Beberapa Software Kimia Komputasi

Manfaat Beberapa Software KimKom

[Chempup] JMol


     Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam tiga dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari program kuantum.


     Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.

[Chempup] Chemtool


ChemTool sesungguhnya hanyalah sebuah file spreadsheet yang dirancang untuk penkonversian massa zat ke mol dan sebaliknya. Chemtool ini merupakan salah satu applet yang ada dalam Chempup seperti yang saya tulis di ChemPup, Applet Kimia pada Puppy Linux. Sangat sederhana namun cukup inspiratif. Ini tentu masih dapat dikembangkan lebih lanjut untuk pembuatan kalkulator khusus hanya dengan menggunakan spreadsheet. Saya sudah coba mengalihbahasakan ChemTool ini.
Berikutnya adalah hasil terjemahan dengan tidak mengubah rumus yang ada di dalam-nya.
 
HyperChem 
 
Fungsi hyperchem adalah :
  1. Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
  2. Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
  3. Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB.
  4. Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya. 
  5. Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
  6. Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S
  7. Penetapan efek isotop dalam perhitungan analisis vibrasional untuk metode-metode SCF ab initio dan semiempiris.
  8. Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.
  9. Mensolvasikan molekul dalam kotak periodik.  
Molden
Molden hampir sama dengan Jmol, fungsinya adalah untuk menampilkan dalam bentuk 3D. Molden sangat powerful terutama dengan z-matrik editornya. Saat ini molden didistribusikan untuk keperluan akademik. Molden dapat digunakan untuk memvisualisasi hasil perhitungan dari GAUSSIAN. Molden dapat di download di ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.0.tar.gz. Untuk meng-compile molden ada beberapa paket program yang harus diinstall terlebih dahulu. Bagi para pengguna setia Debian dan turunannya seperti Ubuntu dapat menggunakan perintah apt-get install untuk menginstall program-program berikut ini : gfortran libX11-6 libX11-dev libgl1-mesa-glx libgl1-mesa-dev build-essential mesa-common-dev libglu1-mesa-dev libxmu-dev makedpend xutils-dev wget. Selanjutnya tinggal mengekstrak folder molden lalu edit makefile, samakan dengan platform komputer yang kita gunakan. Terakhir compile dengan perintah make. Jika proses ini berhasil akan ada file ekskusi molden, gmolden, ambfor dan surf.

Avogadro

Avogadro adalah editor molekul maju dan visualisator dirancang untuk cross-platform digunakan dalam kimia komputasipemodelan molekulbioinformatika,ilmu materialdan bidang terkaitMenawarkan kualitas render fleksibel tinggi dan arsitektur plugin yang kuat.

Cross-Platform: Molekuler pembangun / editor untuk Windows, Linuxdan Mac OS X.
GratisOpen SourceMudah untuk menginstal dan semua kode sumber tersedia di bawah GNU GPL.
Internasional: Terjemahan ke orang lain Cina, PerancisJerman, ItaliaRusia,Spanyol, dandengan bahasa yang lebih untuk datang.
IntuitifDibangun untuk bekerja dengan mudah untuk mahasiswa dan penelitimaju baik.
Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
ExtensiblePlugin arsitektur untuk pengembang, termasuk rendering, alatinteraktifperintahdan skrip Python.
FleksibelFitur termasuk impor Babel Buka file kimia, generasi masukan untuk beberapa paket kimia komputasikristalografidan biomolekul.
 
Sumber :
 http://www.blogtopsites.com/outpost/32afa68bb97b7f15de355034f5b27934

Membuat Rumus Kimia Dengan ChemOffice

Mungkin kita sering diberi tugas oleh guru atau dosen untuk membuat tugas, makalah atau bahkan skripsi yang di dalamnya banyak terdapat rumus molekul kimia. Misalnya seperti membuat struktur karbohidrat, lemak, protein, dan molekul-molekul lain. Bagi sebagian orang menggambar rumus kimia masih terasa susah, apalagi jika itu dilakukan secara manual. Untuk memudahkan kita hal tersebut tentunya kita sangat membutuhkan perangkat lunak (software) untuk mempermudah pekerjaan kita.


Pada postingan kali ini mencoba memberikan kepada teman-teman sekalian salah satu software yang digunakan untuk membuat struktur kimia dengan mudah. Chem Office itulah nama software tersebut. Sofware ini banyak memilki kelebihan untuk mempermudah kita menggambar rumus kimia. Untukmenggambar rumus molekul kimia Chem Office menyertakan Chem Draw dan Chem 3D. Chme Draw digunakan untuk menggambar rumus molekul kimia sedangkan Chem 3D untuk menggambar stuktur molekul dalam bentuk 3 dimensi.
Advertisement
 

Software Chem Office yang saya bagikan ini merupakan Chem OfficePro. Version 5.0 dan tentunya secara gratis. Saat ini Cambridgesoft telah mengeluarkan versi terbaru yaitu Chem Office Pro 12.

Sumber :
http://www.artikelkimia.info/membuat-rumus-kimia-dengan-chem-office-28481629082011

Link Software Kimia Komputasi

Link Penyedia Software Kimia Komputasi


Chimera homepage
Chimera manual
Manual page for "swapna"
Changing face of Medline
Dr.joaguin barroso's blog kimia komputasi
Dr.Barry Honig’s web site (Columbia University great images of biomolecules)
NIH Center for Molecular Modeling
PDB DATEBASE
Searching our WebCite Literature Database
MacMolPlt
Gabedit
Ccp1gui
For using wxmacmolplt with pcgamess/firefly there is a short tutorial
blog David Watson computational chemistry
Try Gabedit
GAMESS website
Chemcraft
Molecular Materials Informatics software kimia komputasi untuk hp (BlackBerry)
UCSF Chimera
Schrödinger Products
LigandScout advanced structure-based pharmacophore modeling
Google Directory Science Chemistry>Software Physicaland Theoretical
Molsoft L.L.C.: Download Molsoft Free Products
Computational Science Software
Open Directory Science Chemistry Software Physical and Theoretical
FSF France Free Software for Chemistry
Linux4Chemistry
Software-Files-l.Cnet.Com
Accelrys 1
Download.Accelrys
Molegro Molecular Viewer Product
worldofteaching Free Chemistry Powerpoint
Guru Kimia: SOFTWARE KIMIA GRATIS
Download & Installation Modeller
Using QM, Spartan Model Calculates Energies
Sains Komputasi Computational Science
Q-Chem
NIC-Serie: Publikationsreihe des John von Neumann-Instituts für Computing
NetSci: MM/MD Modeling Software Lists
List of Software for Quantum Mechanics
Download Chemistry sorted by last update descending Softpedia
QCLDB2
NAMD - Scalable Molecular Dynamics
Hyperchem For Linux
Blog Kimia Komputasi Dosen
Hyperchem
Software2 Kimia Komputasi

Sumber :
http://febbybong.blogspot.com/2012/01/link-penyedia-software-kimia-komputasi.html